一是市场行情极不稳定。据调查，鲜百合主要的消费市场是上海、江浙一带，多为热天熬粥、煲汤食品，对上海市场依赖性强，干片亦即重庆、成都、广州等有限的几个城市，销售渠道较窄。近几年来，百合生产相对稳定，但市场行情不稳定，波动较大。2011 - 2014年永顺县鲜百合销售价分别为每公斤8 - 10元、20 - 24元、6 - 8元和2 - 3元，价格极不稳定，销多销少全凭运气，百合的现有市场和市场潜力到底有多大，未来销售情况又将如何，都是一些未知数，百合产业的发展存在的一些不确定性，将严重影响农民的生产积极性。
二是病害发生较为严重。该县种植百合均从龙山引种，由于龙山种植百合历史较长，种植品种单一，且一直没有进行改良，种性退化严重，百合的抗病能力明显减弱，在同一个地方，连续种植2 - 3年后，百合产量和质量都会明显下降。目前，百合炭疽病、疫病、灰霉病等病害危害日趋严重，一个生长季节一般要打药6 - 8次，遇到雨水多的年份要达10次以上，轻则导致百合品质下降，产生一定的农产品质量安全问题，重则甚至造成绝收。2014年，车坪乡里仁村个体户杨保飞种植百合180多亩，由于感病严重，品质差，全部没有商品价值，损失惨重。
三是种植效益普遍较低。2013年，我县种植百合8166亩，亩平产量870.4公斤，实现总产量710.8万公斤，实际销售589.8万公斤，均价在3元/公斤左右，实现产值1769.4万元，亩平产值只有2166.8元，种植户均不同程度出现亏损。万坪镇龙寨村谭云花2012年、2013年分别种植百合12亩、68亩，产品多数留种扩大生产，2014年发展百合87亩，由于销售收入还抵不上挖百合的用工支出，87亩只挖了5亩，其余全部烂在地里，种植百合三年累计亏损24万元，多年心血付之一旦。2014年龙山县洗洛乡农民向心武在毛坝团结村种植百合21亩，亏损4万余元；龙山县洗洛乡芭蕉村农民唐恢鹏在永顺县石堤镇西湖村种植百合20亩，亏损1万余元。
四是生产成本居高不下。据调查，种植一亩百合成本投入需在5000左右，其中亩需种子款3000元、农药400元、肥料350元、用工960元、土地租金300元。2014年车坪咱河村联合种植的230亩，目前已亩平投入达到4810元，其中种子3500元、肥料200元、农膜100元、租地200元、除草剂10元、用工800元，预计亩平成本要在6000元左右。百合种植成本居高不下，严重挤占了利润空间，也增加了产业发展风险。
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