秋石斛生长壮旺，很少滋生病虫害。不过如果栽培环境通风不良，在闷热潮湿的作用下会滋生如叶斑病、炭疽病或茎腐病等疾病，也可诱发红蜘蛛、介壳虫和蚜虫的发生。
防治方法：病害可用百菌清、托布津或多菌灵800~1000倍液喷杀；而虫害可用氧化乐果或三氯杀螨醇800~1000倍液每月喷洒1次来防除。病毒病在秋石斛中较常见，一经发现，即予销毁或埋掉，以免传染其他植株。秋石斛的开花期还要注意蜗牛或蛞蝓啃食花蕾和花朵，可用菜叶诱杀或人工抓除等方法来防治。
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