除虫菊幼苗虫害情况有两种：
一种夜螺虫，当幼苗出土15天左右，夜间害虫夜螺时常出来活动，从根部咬断幼苗，此时可用呋喃丹在地上撒一层防止夜螺咬苗，一些老种户在下种时，就在地面上撒一层早已备好的除虫菊干粉，防治夜螺咬苗，效果极佳。
另一种是蚜虫，如幼苗期遭受蚜虫侵害，若有蚜虫侵害，可用菊酯类农药喷打防治。
除虫菊进入成龄苗期，木质化不断增强，自身抗虫杀虫菊酯日趋提高，同时挥发出一种异香气味，含有浓厚菊酯成分，昆虫类害虫将会避而远之。除虫菊开花期挥发出菊香气体，让人闻着特别舒服，对蚊蝇驱避效果极佳。
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